Η μελέτη της ελληνικής εκπαίδευσης στην Οθωμανική Αυτοκρατορία συνδέθηκε ήδη από τον 19ο αιώνα με την εξέταση του θρύλου του Κρυφού Σχολειού. Σύμφωνα με τους σύγχρονους ακαδημαϊκούς ιστορικούς, η ύπαρξη του Κρυφού Σχολειού, για την τεκμηρίωση του οποίου χρησιμοποιούνταν ως πρόσφατα μαρτυρίες από την εποχή της Επανάστασης και εξής μαζί με τοπικές παραδόσεις, είναι μύθος χωρίς ιστορική βάση. Πρόσφατα, στην ανεπίσημη παραδοσιακή ιστοριογραφία χρησιμοποιούνται για την τεκμηρίωση της ύπαρξης του «κρυφού σχολειού» μαρτυρίες του 16ου αιώνα κ.ε. για τη γενική αμάθεια ή κατά τόπους αυθαιρεσίες οθωμανών αξιωματούχων εις βάρος εκπαιδευτικών ιδρυμάτων, οι οποίες, ωστόσο, είχαν πεδίο εφαρμογής γενικά τους υπηκόους της Οθωμανικής Αυτοκρατορίας, Μουσουλμάνους και μη.
Ο όρος «κρυφό σχολειό» χρησιμοποιείται κατ' επέκταση και για περιπτώσεις κρυφής εκπαίδευσης ή εθνικής-αντιστασιακής δραστηριότητας στη νεότερη εποχή, όπως κατά τη γερμανική Κατοχή (1941-44) ή τη βρετανική διοίκηση στην Κύπρο.
